冬虫夏草保存不好，会降低质量及功效，要按照特定的方法进行保存，要注意温度、适度等：冬虫夏草家庭存放，可以将其放入塑料袋中密封后，置冰箱中冷藏，随用随取。
如果保存时间较长，需要定期进行烘、晒。若为个人少量保管，可以将虫草与花椒或者丹皮同时放在密闭的玻璃瓶中。
封装冬虫夏草的容器应该存放在通风、避光、凉爽、干燥处，温度应该控制在25摄氏度以下。
冬虫夏草受潮后要化苗，即冬虫夏草成空壳，捏后变扁，使其质量降低。发现冬虫夏草受潮后，应该立即暴晒。
若生虫子，可用硫磺熏或者用炭火微微烘焙，事后筛去虫体与蛀屑。冬虫夏草保存不宜过久，从挖出来到食用一般为2年以内为好，过久则药效降低。
冬天天气干燥，放在空气流通的地方更有助于保存营养成分。
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